フローチャート

赤・黄・青・紫・白ピクミンを各２０匹ずつ連れて歩くと愛のうたを歌います。
（よくある質問で）水中の城には青ピクミンしか連れて行けません。
（よくある質問で）キイロポンガシグサは食神の台所・B３階に生えています。
１００００ポコ集めると社長が仲間になり、のぞみの大地に行けるようになります。
お宝一覧を埋めるとおまけにお宝コンプリートデモが出ます。
チャレンジモードで全ステージノーミスクリアするとおまけにルーイの秘密が出ます。
お宝一覧で同じ種類のアイテムを全部集めるとセールストークが出ます。

フローチャート（青ピクミンを仲間にするまで）
ねむりの谷
地上	オリマーとルーイの赤ピクミン合計１５匹で紙袋を潰す
始まりの洞窟	スフィアマップ入手：わくせいデータ完成（めざめの森に行けるようになる）
めざめの森
けだものの穴	おたからセンサープロトタイプ入手：おたからセンサー完成
地上	紫ピクミンで紙袋を潰す
白い花園	快眠アシスタント入手：たんけんねぶくろ完成
地上	北のガスゲートを白ピクミンで壊す
	ジオグラフィックシステム入手：たんさデータ完成（まどいの水源に行けるようになる）
まどいの水源
蜘蛛の根城	あのカギ入手：チャレンジモードで遊べるようになる
地上	ガスゲートを白ピクミンで壊す
	黄ピクミンを仲間にする
めざめの森
地上	南の電撃ゲートを黄ピクミンで壊す
	青ピクミンを仲間にする
フローチャート（洞窟までの道のり）
ねむりの谷
（地上）青ピクミンで南の水を抜く ↓ （地上）橋を青ピクミンで架ける ↓ （辺境の洞窟）鉄人のコブシ入手：ロケットパンチ完成かぐわしき存在入手：ダッシュブーツ完成 ↓ （地上）ガスゲートを白ピクミンで壊す ↓ （地下の秘密基地）日焼けマシン入手：ソーラーシステム完成
めざめの森
（地上）青ピクミンで南の水を抜く ↓ （地上）紫ピキノツユクサの実の収集が楽になる
（地上）東の電撃ゲートを黄ピクミンで壊す ↓ （デメマダラの王国）情熱合金ド・コンジョー入手：フレアガード完成
（地上）ガスのある橋を白ピクミンで架ける ↓ （ヘビガラスの穴）正義合金ジャスティスＺ入手：メタルスーツＺ完成
まどいの水源
（地上）南西の橋を青ピクミンで架ける ↓ （地上）電撃ゲートを黄ピクミンで壊す ↓ （地上）青ピクミンで水を抜く ↓ （シャワールーム）真空波動スピーカー入手：メガ・スピーカー完成
（地上）北東の電撃ゲートを黄ピクミンで壊す ↓ （食神の台所）ドリーム・マテリアル入手：アンチ・エレキ完成
（水中の城）やかましメカ入手：ひきぬきメガホン完成
のぞみの大地
（地上）青ピクミンで南西の水を抜く ↓ （混沌の魔窟）
（地上）南西の電撃ゲートを黄ピクミンで壊す ↓ （百戦練磨の穴） ↓ （地上）中央の橋を架ける ↓ （地上）ガスゲートを白ピクミンで壊す ↓ （夢の穴）